Оба они похожи на высоком уровне в том смысле, что они позволяют выполнять инициализацию вашего веб-приложения, но они различаются по следующим важным причинам, как показано ниже:
Методы, ориентированные на WebActivatorEx.PreApplicationStartMethodAttribute, будут выполняться до запуска приложения. Это позволяет вам делать что-то вроде инъекции HttpModule и т.д.
Методы, нацеленные на OwinStartupAttribute, будут выполняться после инициализации приложения. Это связано с тем, что этот тип запуска вызывается OwinHttpModule, который сам по себе вводится при использовании System.Web.PreApplicationStartMethodAttribute.
Запуск Owin можно отключить с помощью настройки с помощью appsetting в web.config owin:AutomaticAppStartup
Существует также System.Web.PreApplicationStartMethodAttribute, который с .NET 4.5 может использоваться несколько раз в сборке.
Итак, чтобы суммировать, это порядок выполнения методов в зависимости от используемых атрибутов.