Matplotlib: Как заставить метки целых тиков?

Мой python script использует matplotlib для построения двумерной "тепловой карты" набора данных x, y, z. Мои x- и y-значения представляют собой аминокислотные остатки в белке и поэтому могут быть целыми числами. Когда я увеличиваю масштаб изображения, он выглядит следующим образом:

Как я уже сказал, значения float на осях x-y не имеют смысла с моими данными, и поэтому я хочу, чтобы это выглядело так:

Любые идеи, как достичь этого? Это код, который генерирует график:

def plotDistanceMap(self):
    # Read on x,y,z
    x = self.currentGraph['xData']
    y = self.currentGraph['yData']
    X, Y = numpy.meshgrid(x, y)
    Z = self.currentGraph['zData']
    # Define colormap
    cmap = colors.ListedColormap(['blue', 'green', 'orange', 'red'])
    cmap.set_under('white')
    cmap.set_over('white')
    bounds = [1,15,50,80,100]
    norm = colors.BoundaryNorm(bounds, cmap.N)
    # Draw surface plot
    img = self.axes.pcolor(X, Y, Z, cmap=cmap, norm=norm)
    self.axes.set_xlim(x.min(), x.max())
    self.axes.set_ylim(y.min(), y.max())
    self.axes.set_xlabel(self.currentGraph['xTitle'])
    self.axes.set_ylabel(self.currentGraph['yTitle'])
    # Cosmetics
    #matplotlib.rcParams.update({'font.size': 12})
    xminorLocator = MultipleLocator(10)
    yminorLocator = MultipleLocator(10)
    self.axes.xaxis.set_minor_locator(xminorLocator)
    self.axes.yaxis.set_minor_locator(yminorLocator)
    self.axes.tick_params(direction='out', length=6, width=1)
    self.axes.tick_params(which='minor', direction='out', length=3, width=1)
    self.axes.xaxis.labelpad = 15
    self.axes.yaxis.labelpad = 15
    # Draw colorbar
    colorbar = self.figure.colorbar(img, boundaries = [0,1,15,50,80,100], 
                                    spacing = 'proportional',
                                    ticks = [15,50,80,100], 
                                    extend = 'both')
    colorbar.ax.set_xlabel('Angstrom')
    colorbar.ax.xaxis.set_label_position('top')
    colorbar.ax.xaxis.labelpad = 20
    self.figure.tight_layout()      
    self.canvas.draw()

Ответ 1

Это должно быть проще:

(из https://scivision.co/matplotlib-force-integer-labeling-of-axis/)

import matplotlib.pyplot as plt
from matplotlib.ticker import MaxNLocator
#...
ax = plt.figure().gca()
#...
ax.xaxis.set_major_locator(MaxNLocator(integer=True))

Ответ 2

Основываясь на ответе изменения меток ярлыков, я придумал решение, не знаю, будет ли оно работать в вашем случае, поскольку ваш фрагмент кода не может быть выполненным сам по себе.

Идея состоит в том, чтобы заставить метки тика на интервал .5, затем заменить каждый тик .5 тиком на его целочисленную копию, а другие - на пустую строку.

import numpy
import matplotlib.pyplot as plt

fig, (ax1, ax2) = plt.subplots(1,2)

x1, x2 = 1, 5
y1, y2 = 3, 7

# first axis: ticks spaced at 0.5
ax1.plot([x1, x2], [y1, y2])
ax1.set_xticks(numpy.arange(x1-1, x2+1, 0.5))
ax1.set_yticks(numpy.arange(y1-1, y2+1, 0.5))

# second axis: tick labels will be replaced
ax2.plot([x1, x2], [y1, y2])
ax2.set_xticks(numpy.arange(x1-1, x2+1, 0.5))
ax2.set_yticks(numpy.arange(y1-1, y2+1, 0.5))

# We need to draw the canvas, otherwise the labels won't be positioned and 
# won't have values yet.
fig.canvas.draw()

# new x ticks  '1'->'', '1.5'->'1', '2'->'', '2.5'->'2' etc.
labels = [item.get_text() for item in ax2.get_xticklabels()]
new_labels = [ "%d" % int(float(l)) if '.5' in l else '' for l in labels]
ax2.set_xticklabels(new_labels)

# new y ticks
labels = [item.get_text() for item in ax2.get_yticklabels()]
new_labels = [ "%d" % int(float(l)) if '.5' in l else '' for l in labels]
ax2.set_yticklabels(new_labels)

fig.canvas.draw()
plt.show()

Если вы хотите уменьшить масштаб, это потребует особой осторожности, так как в этом случае создается очень плотный набор меток ярлыков.