Почему App_Code не является выбором в подменю Add ASP.NET Folder в обозревателе VS-решений? Я понимаю, что вы можете создать его самостоятельно, просто переименовав новую папку, но что здесь рационально? Разве это не означает, что вы должны класть классы "утилита" или "уровень обслуживания"?
На стороне проекта MVC. Мне нравится то, что есть ссылка на System.Configuration из коробки, в отличие от проектов ASP.NET по умолчанию по умолчанию.