Снова MSDN на самом деле не объясняет точную разницу или информацию о том, когда выбрать один над другим.
Возвращает значение контрольной суммы, вычисленное по строке таблицы, или по списку выражений. CHECKSUM предназначен для использования при построении хэш-индексов.
Возвращает значение двоичной контрольной суммы, вычисленное по строке таблицы или по списку выражений. BINARY_CHECKSUM может использоваться для обнаружения изменений в строке таблицы.
Он намекает, что двоичная контрольная сумма должна использоваться для обнаружения изменений строк, но не почему.