Кластеризация модульности Newman для графиков

Я заинтересован в запуске алгоритма кластеризации Newman modularity на большом графике. Если вы можете указать мне на библиотеку (или пакет R и т.д.), Который будет ее реализовывать, я был бы очень благодарен.

лучше ~ Лара

ОТВЕТЫ

Ответ 1

Используйте пакет igraph для R: http://igraph.sourceforge.net/doc/R/fastgreedy.community.html это реализует быстрый алгоритм для поиска сообщества с использованием метода максимизации модульности newman-girvan.

ваш код будет выглядеть так:

library(igraph)
# read graph from csv file
G<-read.graph("edgelist.txt", format="ncol")
fgreedy<-fastgreedy.community(G,merges=TRUE, modularity=TRUE)
memberships <-community.to.membership(G, fgreedy$merges, steps=which.max(fgreedy$modularity)-1)
print(paste('Number of detected communities=',length(memberships$csize)))
# Community sizes:
print(memberships$csize)
# modularity:
max(fgreedy$modularity)

Ответ 2

Я не совсем уверен, работает ли с этим алгоритмом инструмент визуализации данных с открытым исходным кодом, Gephi. Как я знаю, он работает с альго в документе: Быстрое развертывание сообществ в больших сетях

Это также методы на основе модульности.