Существует множество хороших инструментов для исходного кода и документации API (Doxygen, Headerdoc, Sphinx, чтобы назвать лишь несколько). Тем не менее, ни одна из них не особенно хороша при подготовке документации для API-интерфейсов, предоставляемых через интерфейс RPC (если у вас есть рекомендации по синтезу документации RPC API с помощью этих инструментов, непременно укажите ее).
Меня особенно интересуют инструменты документации, которые, по крайней мере, поддерживают JSON и AMQP, но вопрос будет также стоять за такие вещи, как Protobuf, Thrift, а XML-RPC и любые предложения по инструментам, которые работают с этими технологиями, по крайней мере дают мне место для начала.
Я, честно говоря, еще не видел качественную документацию для любого интерфейса RPC (созданного вручную или с помощью инструмента), и я просто надеюсь, что разработчики ленивы, а не потому, что инструменты не существуют.