После этого вы можете использовать задачу ensimeCompileOnly для компиляции одиночного файла. SBT позволяет настроить конфигурацию каждой задачи, поэтому вы можете изменить только для этих задач:
set scalacOptions in (Compile, EnsimeKeys.ensimeCompileOnly) += "-deprecation"
ensimeCompileOnly src/main/scala/MyFile.scala