Преобразование фрейма данных в матрицу с plyr daply

Я пытаюсь использовать функцию daply в пакете plyr, но я не могу получить ее правильно. Хотя переменная, составляющая матрицу, является числовой, элементы матрицы представляют собой списки, а не сама переменная. Вот небольшое подмножество данных, например, саке:

   Month Vehicle Samples
1 Oct-10   31057     256
2 Oct-10   31059     316
3 Oct-10   31060     348
4 Nov-10   31057     267
5 Nov-10   31059     293
6 Nov-10   31060     250
7 Dec-10   31057     159
8 Dec-10   31059     268
9 Dec-10   31060     206

И я хотел бы иметь возможность визуализировать данные в матричном формате, который будет выглядеть примерно так:

  Month
Vehicle Oct-10 Nov-10 Dec-10
  31057    256    267    159
  31059    316    293    268
  31060    348    250    206

Вот несколько альтернативных синтаксисов, которые я использую (последний из-за того, что в моем исходном фрейме данных больше столбцов, чем показано здесь):

daply(DF, .(Vehicle, Month), identity)
daply(DF,.(Vehicle,Month), colwise(identity,.(Samples)))

Однако то, что я получаю вместо этого, довольно заумно:

       Month
Vehicle Oct-10 Nov-10 Dec-10
  31057 List,3 List,3 List,3
  31059 List,3 List,3 List,3
  31060 List,3 List,3 List,3

Я использовал функцию str на выходе, как предложили некоторые комментаторы, и вот выдержка:

List of 9
 $ :'data.frame':       1 obs. of  3 variables:
  ..$ Month  : Ord.factor w/ 3 levels "Oct-10"<"Nov-10"<..: 1
  ..$ Vehicle: Factor w/ 3 levels "31057","31059",..: 1
  ..$ Samples: int 256
 $ :'data.frame':       1 obs. of  3 variables:
  ..$ Month  : Ord.factor w/ 3 levels "Oct-10"<"Nov-10"<..: 1
  ..$ Vehicle: Factor w/ 3 levels "31057","31059",..: 2
  ..$ Samples: int 316

Что мне не хватает? Кроме того, есть ли способ сделать это просто с базовыми пакетами? Спасибо!

Ниже Dput кадра данных, если вы хотите воспроизвести это:

structure(list(Month = structure(c(1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 3L, 
3L, 3L), .Label = c("Oct-10", "Nov-10", "Dec-10"), class = c("ordered", 
"factor")), Vehicle = structure(c(1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 
2L, 3L), .Label = c("31057", "31059", "31060"), class = "factor"), 
    Samples = c(256L, 316L, 348L, 267L, 293L, 250L, 159L, 268L, 
    206L)), .Names = c("Month", "Vehicle", "Samples"), class = "data.frame", row.names = c(NA, 
9L))

ОТВЕТЫ

Ответ 1

Функция identity не то, что вы хотите здесь; со страницы справки: "Все функции plyr используют одну и ту же стратегию split-apply-comb: они разбивают вход на более простые части, применяют .fun к каждой части, а затем объединяют фрагменты в единую структуру данных". Более простые части в этом случае являются подмножествами исходного фрейма данных с уникальными комбинациями Vehicle/Month; функция идентификации просто возвращает это подмножество, и эти подмножества затем используются для заполнения результирующей матрицы.

То есть каждый элемент полученной вами матрицы представляет собой кадр данных (который является типом списка) с строками с этой комбинацией "Месяц/Транспорт".

> try1 <- daply(DF, .(Vehicle, Month), identity)
> try1[1,1]
[[1]]
   Month Vehicle Samples
1 Oct-10   31057     256

Вместо этого вы хотите использовать функцию, которая просто получает часть Samples этого кадра данных, например:

daply(DF, .(Vehicle, Month), function(x) x$Samples)

что приводит к

       Month
Vehicle Oct-10 Nov-10 Dec-10
  31057    256    267    159
  31059    316    293    268
  31060    348    250    206

Несколько альтернативных способов сделать это: cast из пакета reshape (который возвращает фрейм данных)

cast(DF, Vehicle~Month, value="Samples")

пересмотренная версия в reshape2; первый возвращает кадр данных, второй - матрицу

dcast(DF, Vehicle~Month, value_var="Samples")
acast(DF, Vehicle~Month, value_var="Samples")

с xtabs из пакета stats

xtabs(Samples ~ Vehicle + Month, DF)

или вручную, что совсем не сложно с помощью матричной индексации; почти весь код просто устанавливает матрицу.

with(DF, {
  out <- matrix(nrow=nlevels(Vehicle), ncol=nlevels(Month),
                dimnames=list(Vehicle=levels(Vehicle), Month=levels(Month)))
  out[cbind(Vehicle, Month)] <- Samples
  out
})

Функция reshape в пакете статистики также может быть использована для этого, но синтаксис затруднен, и я не использовал его один раз после обучения cast и melt из пакета reshape.

Ответ 2

Если мы возьмем OP по их слову (именам) в названии, то они могут искать data.matrix(), который является стандартной функцией в пакете base, который всегда доступен в R.

data.matrix() работает путем преобразования любых факторов в их числовое кодирование перед преобразованием кадра данных в матрицу. Рассмотрим следующий фрейм данных:

dat <- data.frame(A = 1:10, B = factor(sample(c("X","Y"), 10, replace = TRUE)))

Если мы преобразуем через as.matrix(), мы получим матрицу символов:

> head(as.matrix(dat))
     A    B  
[1,] " 1" "X"
[2,] " 2" "X"
[3,] " 3" "Y"
[4,] " 4" "Y"
[5,] " 5" "Y"
[6,] " 6" "Y"

или если через matrix() получается список с размерами (массив списка - как указано в разделе "Значение" ?daply кстати)

> head(matrix(dat))
     [,1]      
[1,] Integer,10
[2,] factor,10 
> str(matrix(dat))
List of 2
 $ : int [1:10] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
 $ : Factor w/ 2 levels "X","Y": 1 1 2 2 2 2 1 2 2 1
 - attr(*, "dim")= int [1:2] 2 1

data.matrix(), однако, имеет смысл:

> mat <- data.matrix(dat)
> head(mat)
     A B
[1,] 1 1
[2,] 2 1
[3,] 3 2
[4,] 4 2
[5,] 5 2
[6,] 6 2
> str(mat)
 int [1:10, 1:2] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ...
 - attr(*, "dimnames")=List of 2
  ..$ : NULL
  ..$ : chr [1:2] "A" "B"