SignalR не работает, когда система идеальна в течение некоторого времени

$.connection.myHubName.client.disconnect(function () {
    $.connection.hub.start();
});

на hub.start(); сервер запущен, но все еще работает нормально

Правильный метод - это зависание от самого соединения концентратора, а не с концентратором (а не с клиентом).

$.connection.hub.disconnected(function () { console.log('We are currently experiencing difficulties with the connection.') });