У меня есть tomcat 5.5, установленный, запущенный и проверяемый на http://localhost:8080/. Опция меню Tomcat появляется в строке меню Eclipse, и я могу начать и остановить Tomcat. В Eclipse он не отображается в качестве среды выполнения сервера в Window - Preferences - Server - Runtime Environments и не отображается в списке сред, которые можно добавить, когда я нажимаю кнопку "Добавить". Все, что я вижу, это библиотека времени исполнения J2EE.
Edit:
Работает в Windows XP.
Версия Eclipse - 3.5.1