Как это сделать с Mongo в одном [атомном] утверждении:
insert mytable set MyUniqueKey = ?, X = ? on duplicate key update Y = ?
Когда этот оператор выполняется в первый раз, он будет устанавливать значение X, но после этого он будет только обновлять значение Y.
Только MyUniqueKey является частью уникального ключа и должен искать дубликаты.