Преобразование измерений с неправильным измерением времени в равные интервалы, взвешенные по времени средние значения

У меня есть серия измерений, которые имеют временную печать и нерегулярно разнесены. Значения в этих рядах всегда представляют собой изменения измерения - т.е. Без изменения никакого нового значения. Простой пример такой серии:

23:00:00.100     10
23:00:01.200      8
23:00:01.600      0
23:00:06.300      4

То, что я хочу достичь, - это равномерно распределенная серия взвешенных по времени средних значений. Для данного примера я мог бы стремиться к частоте, основанной на секундах, и, следовательно, иметь следующий результат:

23:00:01     NaN ( the first 100ms are missing )
23:00:02     5.2 ( 10*0.2 + 8*0.4 + 0*0.4 )
23:00:03       0
23:00:04       0
23:00:05       0
23:00:06     2.8 ( 0*0.3 + 4*0.7 )

Я ищу библиотеку Python, которая решает эту проблему. Для меня это кажется стандартной проблемой, но до сих пор я не мог найти такую ​​функциональность в стандартных библиотеках, таких как pandas.

Алгоритм должен учитывать две вещи:

  • взвешенное по времени усреднение
  • учитывая значения перед текущим интервалом (и, возможно, даже впереди свинца) при формировании среднего значения

Использование pandas

data.resample('S', fill_method='pad')          # forming a series of seconds

выполняет части работы. Предоставление пользовательской функции для агрегирования позволит формировать средневзвешенные средние значения, но поскольку начало интервала игнорируется, это среднее значение также будет неверным. Хуже того: дырки в серии заполняются средними значениями, ведущими в примере сверху, чтобы значения секунд 3, 4 и 5 были отличными от нуля.

data = data.resample('L', fill_method='pad')   # forming a series of milliseconds
data.resample('S')

делает трюк с определенной точностью, но есть - в зависимости от точности - очень дорого. В моем случае, слишком дорого.

Изменить: решение

import pandas as pa
import numpy as np
from datetime import datetime
from datetime import timedelta

time_stamps=[datetime(2013,04,11,23,00,00,100000), 
             datetime(2013,04,11,23,00,1,200000),
             datetime(2013,04,11,23,00,1,600000),
             datetime(2013,04,11,23,00,6,300000)]
values = [10, 8, 0, 4]
raw = pa.TimeSeries(index=time_stamps, data=values)

def round_down_to_second(dt):
    return datetime(year=dt.year, month=dt.month, day=dt.day, 
                    hour=dt.hour, minute=dt.minute, second=dt.second)

def round_up_to_second(dt):
    return round_down_to_second(dt) + timedelta(seconds=1)

def time_weighted_average(data):
    end = pa.DatetimeIndex([round_up_to_second(data.index[-1])])
    return np.average(data, weights=np.diff(data.index.append(end).asi8))

start = round_down_to_second(time_stamps[0])
end = round_down_to_second(time_stamps[-1])
range = pa.date_range(start, end, freq='S')
data = raw.reindex(raw.index + range)
data = data.ffill()

data = data.resample('S', how=time_weighted_average)

Ответ 1

Здесь вы найдете решение, возможно, вам понадобится настройка, чтобы соответствовать вашим требованиям.

Добавьте секунды к вашему индексу и заполните вперед:

tees = pd.Index(datetime(2000, 1, 1, 23, 0, n) for n in xrange(8))
df2 = df1.reindex(df1.index + tees)
df2['value'] = df2.value.ffill()

In [14]: df2
Out[14]:
                            value
2000-01-01 23:00:00           NaN
2000-01-01 23:00:00.100000     10
2000-01-01 23:00:01            10
2000-01-01 23:00:01.200000      8
2000-01-01 23:00:01.600000      0
2000-01-01 23:00:02             0
2000-01-01 23:00:03             0
2000-01-01 23:00:04             0
2000-01-01 23:00:05             0
2000-01-01 23:00:06             0
2000-01-01 23:00:06.300000      4
2000-01-01 23:00:07             4

Возьмите разницу во времени (используя shift) до следующего значения и умножьте (значение * секунды):

df3['difference'] = df3['index'].shift(-1) - df3['index']
df3['tot'] = df3.apply(lambda row: np.nan
                                   if row['difference'].seconds > 2  # a not very robust check for NaT
                                   else row['difference'].microseconds * row['value'] / 1000000,
                        axis=1)

In [17]: df3
Out[17]:
                        index  value      difference  tot
0         2000-01-01 23:00:00    NaN 00:00:00.100000  NaN
1  2000-01-01 23:00:00.100000     10 00:00:00.900000  9.0
2         2000-01-01 23:00:01     10 00:00:00.200000  2.0
3  2000-01-01 23:00:01.200000      8 00:00:00.400000  3.2
4  2000-01-01 23:00:01.600000      0 00:00:00.400000  0.0
5         2000-01-01 23:00:02      0        00:00:01  0.0
6         2000-01-01 23:00:03      0        00:00:01  0.0
7         2000-01-01 23:00:04      0        00:00:01  0.0
8         2000-01-01 23:00:05      0        00:00:01  0.0
9         2000-01-01 23:00:06      0 00:00:00.300000  0.0
10 2000-01-01 23:00:06.300000      4 00:00:00.700000  2.8
11        2000-01-01 23:00:07      4             NaT  NaN

Затем сделайте повторный выбор в секундах (суммируйте значение * секунды):

In [18]: df3.set_index('index')['tot'].resample('S', how='sum')
Out[18]:
index
2000-01-01 23:00:00    9.0
2000-01-01 23:00:01    5.2
2000-01-01 23:00:02    0.0
2000-01-01 23:00:03    0.0
2000-01-01 23:00:04    0.0
2000-01-01 23:00:05    0.0
2000-01-01 23:00:06    2.8
2000-01-01 23:00:07    NaN
Freq: S, dtype: float64

Примечание: конечная точка нуждается в некотором принуждении (сумма умна и игнорирует NaN)...

Ответ 2

Это не ответ, но мне нужен граф, чтобы определить, что такое взвешенное по времени усреднение. Вот график, который отображает ваши данные:

enter image description here

Вы хотите, чтобы среднее значение каждого вертикального диапазона? Первый диапазон равен 0-1, так как он включает неизвестные данные, результатом является NaN. Второй блок равен 1-2, значение рассчитывается по: (10 * 0,2 + 8 * 0,4 + 0 * 0,4), что совпадает с вашим. Но я не знаю, как значение 5-6 cames:

23:00:06     2.8 ( 0*0.3 + 2*0.7 )

Можете ли вы объяснить, как вычислить это значение?

Ответ 3

Вы можете сделать это с помощью traces.

from datetime import datetime
import traces

ts = traces.TimeSeries(data=[
    (datetime(2016, 9, 27, 23, 0, 0, 100000), 10),
    (datetime(2016, 9, 27, 23, 0, 1, 200000), 8),
    (datetime(2016, 9, 27, 23, 0, 1, 600000), 0),
    (datetime(2016, 9, 27, 23, 0, 6, 300000), 4),
])

regularized = ts.moving_average(
    start=datetime(2016, 9, 27, 23, 0, 1),
    sampling_period=1,
    placement='left',
)

Результат:

[(datetime(2016, 9, 27, 23, 0, 1), 5.2),
 (datetime(2016, 9, 27, 23, 0, 2), 0.0),
 (datetime(2016, 9, 27, 23, 0, 3), 0.0),
 (datetime(2016, 9, 27, 23, 0, 4), 0.0),
 (datetime(2016, 9, 27, 23, 0, 5), 0.0),
 (datetime(2016, 9, 27, 23, 0, 6), 2.8)]