Когда вы перезаписываете php файл на сервере (скажем, через SFTP), когда он обрабатывается где-то (возможно, он script, который занимает несколько секунд для компиляции) отменяет ли текущий script или делает это закончите даже после того, как произойдет перезапись? Я предполагаю, что я спрашиваю: загружает ли apache PHP скрипт в память перед его выполнением (и сохраняет ли он это в памяти на время выполнения)?
