Есть ли способ ускорить эту простую модель PyMC? В 20-40 точках данных требуется ~ 5-11 секунд.
import pymc
import time
import numpy as np
from collections import OrderedDict
# prior probability of rain
p_rain = 0.5
variables = OrderedDict()
# rain observations
data = [True, True, True, True, True,
False, False, False, False, False]*4
num_steps = len(data)
p_rain_given_rain = 0.9
p_rain_given_norain = 0.2
p_umbrella_given_rain = 0.8
p_umbrella_given_norain = 0.3
for n in range(num_steps):
if n == 0:
# Rain node at time t = 0
rain = pymc.Bernoulli("rain_%d" %(n), p_rain)
else:
rain_trans = \
pymc.Lambda("rain_trans",
lambda prev_rain=variables["rain_%d" %(n-1)]: \
prev_rain*p_rain_given_rain + (1-prev_rain)*p_rain_given_norain)
rain = pymc.Bernoulli("rain_%d" %(n), p=rain_trans)
umbrella_obs = \
pymc.Lambda("umbrella_obs",
lambda rain=rain: \
rain*p_umbrella_given_rain + (1-rain)*p_umbrella_given_norain)
umbrella = pymc.Bernoulli("umbrella_%d" %(n), p=umbrella_obs,
observed=True,
value=data[n])
variables["rain_%d" %(n)] = rain
variables["umbrella_%d" %(n)] = umbrella
print "running on %d points" %(len(data))
all_vars = variables.values()
t_start = time.time()
model = pymc.Model(all_vars)
m = pymc.MCMC(model)
m.sample(iter=2000)
t_end = time.time()
print "\n%.2f secs to run" %(t_end - t_start)
Только с 40 точками данных требуется 11 секунд для запуска:
running on 40 points
[-----------------100%-----------------] 2000 of 2000 complete in 11.5 sec
11.54 secs to run
(с 80 очками требуется 20 секунд). Это игрушечный пример. Выражения внутри Lambda()
, которые определяют переходы, на практике более сложны. Эта базовая структура кода является гибкой (тогда как кодирование модели с переходными матрицами менее гибко). Есть ли способ сохранить подобную структуру кода, но получить лучшую производительность? С удовольствием переключитесь на PyMC3, если это необходимо. Спасибо.