В принципе, Server.HtmlEncode использует конкретный экземпляр класса System.Web.HttpServerUtility, унаследованного от класса Page. HttpUtility.HtmlEncode - это статический метод, поэтому вам не нужно создавать экземпляр класса HttpUtility.
Все остальные равны, идите со статическим HttpUtility.HtmlEncode.
