можно ли получить новый/обновленный _id после запроса? пример кода:
$key = array( 'something' => 'unique' );
$data = array( '$inc' => array( 'someint' => 1 ) );
$mongodb->db->collection->update( $key, $data, array( 'upsert' => true ) );
$key не содержит новый/старый _id-объект, и я предполагаю, что $data не будет либо потому, что это просто инструкция.