Если вы объединяете изменения из репозитория B в репозиторий A, вы должны объединить изменения в .hgtags?
В репозитории B могли быть теги 1.01, 1.02, 1.03, которые не указаны в A. Зачем вам объединять их в файл .hgtags в репозитории? Если мы слились, а затем попытались просмотреть репозиторий A, посмотрев на тег 1.01, я бы подумал, что это не сработает.