Всякий раз, когда "обновление пакета" обновляет версию пассажирского жемчужина, я делаю
sudo su -
passenger-install-apache2-module
В конце этого процесса он выплескивает полный блок данных, который вам нужно установить в верхней части или в конфигурацию Apache. Например. что-то вроде: