Я всегда думал об этом. Так много настроек приложения имеют zip файл, который вы разархивируете, и в нем есть куча файлов, среди прочего, exe и msi. В чем разница? Они часто даже примерно того же размера. Я никогда не уверен, какой из них выполнить, иногда я делаю exe, а иногда и msi, и он обычно работает с одним. Но делает ли кто-нибудь из них то, что другой не делает? А если нет, разве это не пустая трата, имеющая два файла, которые делают то же самое? Особенно, когда вы думаете о размере загрузки и т.д.
Не уверен, что это должно быть здесь или на ServerFault, или, может быть, и не так, но я понял, что разработчики обычно создают файлы установки, тогда разработчики могут знать, почему это так: =)