Scipy install на горном льве

Когда я пытаюсь установить scipy с помощью pip install scipy, он терпит неудачу со следующей трассировкой

Downloading/unpacking scipy
  Downloading scipy-0.10.1.tar.gz (6.2MB): 6.2MB downloaded
  Running setup.py egg_info for package scipy
    Running from scipy source directory.
    blas_opt_info:
      FOUND:
        extra_link_args = ['-Wl,-framework', '-Wl,Accelerate']
        define_macros = [('NO_ATLAS_INFO', 3)]
        extra_compile_args = ['-msse3', '-I/System/Library/Frameworks/vecLib.framework/Headers']

    non-existing path in '/private/var/folders/rd/fplkflh93ls54kbl5ylphl4h0000gn/T/pip-build/scipy/scipy/io': 'docs'
    lapack_opt_info:
      FOUND:
        extra_link_args = ['-Wl,-framework', '-Wl,Accelerate']
        define_macros = [('NO_ATLAS_INFO', 3)]
        extra_compile_args = ['-msse3']

    umfpack_info:
      libraries umfpack not found in /usr/local/Cellar/python/2.7.3/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib
      libraries umfpack not found in /usr/local/lib
      libraries umfpack not found in /usr/lib
    /usr/local/lib/python2.7/site-packages/numpy/distutils/system_info.py:470: UserWarning:
        UMFPACK sparse solver (http://www.cise.ufl.edu/research/sparse/umfpack/)
        not found. Directories to search for the libraries can be specified in the
        numpy/distutils/site.cfg file (section [umfpack]) or by setting
        the UMFPACK environment variable.
      warnings.warn(self.notfounderror.__doc__)
      NOT AVAILABLE

    Traceback (most recent call last):
      File "<string>", line 16, in <module>
      File "/var/folders/rd/fplkflh93ls54kbl5ylphl4h0000gn/T/pip-build/scipy/setup.py", line 196, in <module>
        setup_package()
      File "/var/folders/rd/fplkflh93ls54kbl5ylphl4h0000gn/T/pip-build/scipy/setup.py", line 187, in setup_package
        configuration=configuration )
      File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/numpy/distutils/core.py", line 152, in setup
        config = configuration()
      File "/var/folders/rd/fplkflh93ls54kbl5ylphl4h0000gn/T/pip-build/scipy/setup.py", line 138, in configuration
        config.add_subpackage('scipy')
      File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/numpy/distutils/misc_util.py", line 1002, in add_subpackage
        caller_level = 2)
      File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/numpy/distutils/misc_util.py", line 971, in get_subpackage
        caller_level = caller_level + 1)
      File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/numpy/distutils/misc_util.py", line 908, in _get_configuration_from_setup_py
        config = setup_module.configuration(*args)
      File "scipy/setup.py", line 20, in configuration
        config.add_subpackage('special')
      File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/numpy/distutils/misc_util.py", line 1002, in add_subpackage
        caller_level = 2)
      File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/numpy/distutils/misc_util.py", line 971, in get_subpackage
        caller_level = caller_level + 1)
      File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/numpy/distutils/misc_util.py", line 908, in _get_configuration_from_setup_py
        config = setup_module.configuration(*args)
      File "/private/var/folders/rd/fplkflh93ls54kbl5ylphl4h0000gn/T/pip-build/scipy/scipy/special/setup.py", line 54, in configuration
        extra_info=get_info("npymath")
      File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/numpy/distutils/misc_util.py", line 2220, in get_info
        pkg_info = get_pkg_info(pkgname, dirs)
      File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/numpy/distutils/misc_util.py", line 2172, in get_pkg_info
        return read_config(pkgname, dirs)
      File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/numpy/distutils/npy_pkg_config.py", line 390, in read_config
        v = _read_config_imp(pkg_to_filename(pkgname), dirs)
      File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/numpy/distutils/npy_pkg_config.py", line 326, in _read_config_imp
        meta, vars, sections, reqs = _read_config(filenames)
      File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/numpy/distutils/npy_pkg_config.py", line 309, in _read_config
        meta, vars, sections, reqs = parse_config(f, dirs)
      File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/numpy/distutils/npy_pkg_config.py", line 281, in parse_config
        raise PkgNotFound("Could not find file(s) %s" % str(filenames))
    numpy.distutils.npy_pkg_config.PkgNotFound: Could not find file(s) ['/usr/local/lib/python2.7/site-packages/numpy/core/lib/npy-pkg-config/npymath.ini']

Я использую Mountain Lion и python 2.7.3, которые я установил с помощью homebrew, и numpy был установлен с помощью nump install.

Почему происходит сбой установки?

Ответ 1

Кажется, это проблема с pip и numpy, которая не копирует скомпилированные библиотеки в каталог сайтов-пакетов.

Вы можете установить с помощью pip в virtualenv (который работал у меня) или установите из источника, используя

python setup.py install

метод.

Здесь есть несколько комментариев:

http://www.thisisthegreenroom.com/2011/installing-python-numpy-scipy-matplotlib-and-ipython-on-lion/

Ответ 2

если вы используете доморощенный, вы можете попробовать следующее (спасибо https://github.com/pypa/pip/issues/707):

brew tap samueljohn/homebrew-python
brew install numpy
brew install scipy

Ответ 3

Если вы не используете virtualenv, тогда наименее навязчивое исправление может быть вручную отредактировано /usr/local/lib/python2.7/site-packages/pip-1.2.1-py2.7.egg/pip/locations.py (версия вашего приложения может отличаться). Просто замените строку 35 на:

build_prefix = os.path.join(tempfile.gettempdir(), 'pip-build')

в

build_prefix = os.path.realpath(os.path.join(tempfile.gettempdir(), 'pip-build'))

После этого изменения вам нужно переустановить numpy (pip uninstall numpy; pip install numpy). Затем scipy можно установить с помощью pip.

Проблема вызвана ошибкой pip. И вышеприведенное решение соответствует патчу pip (предлагается в проблема, упомянутый Lokkju) от qwcode пользователя github. Этот патч, кажется, был объединен с главным репозиторием pip. Тем не менее, я не вижу легкого способа обновления brew, поскольку он связан с Python. Поэтому просто вручную, чтобы это простое исправление работало для меня.

Ответ 4

У меня была такая же проблема в 2015 году с MacOSX Yosemite. Я думаю, что это вызвано ошибкой старой версии pip. Деинсталляция пипса и получение новейшей версии помогает. Получить pip из https://pip.pypa.io/en/latest/installing.html и затем

$ sudo pip uninstall scipy
$ sudo pip install scipy