Ошибка теста Fisher: LDSTP слишком мал

вход

NN <- c(359,32);JJ <- c(108,13);NNS <- c(103,15);VBN <- c(95,9);RB <- c(63,11);NNP <- c(56,0);VBG <- c(55,10);IN <- c(38,16);VB <- c(20,10);CD <- c(17,6);CC <- c(11,6);DT <- c(11,4);MD <- c(8,5);PRP4 <- c(8,1);PRP <- c(7,4);FW <- c(5,1);VBD <- c(5,3);RBR <- c(4,0);VBP <- c(4,1);VBZ <- c(4,3);WRB <- c(4,2);EX <- c(3,1);NNPS <- c(2,0);WDT <- c(2,3);WP <- c(2,1);PDT <- c(1,1);POS <- c(1,0);RBS <- c(1,0);TO <- c(1,1);UH <- c(0,1)
Finaltable <-
cbind(NN,JJ,NNS,VBN,RB,NNP,VBG,IN,VB,CD,CC,DT,MD,PRP4,PRP,FW,VBD,RBR,VBP,VBZ,WRB,EX,NNPS,WDT,WP,PDT,POS,RBS,TO,UH)
rownames(Finaltable) <- c("tag1","tag2")
Finaltable

chisq.test(Finaltable)


fisher.test(Finaltable)

Выход

fisher.test(Finaltable) : FEXACT error 7.
LDSTP is too small for this problem.
Try increasing the size of the workspace.

Как я могу решить эту проблему без модификации необработанных данных. Есть ли какой-либо непараметрический тест для этого сравнения?

Ответ 1

Вы можете попытаться увеличить аргумент workspace из значения по умолчанию, но я не знаю, сможешь ли вы сделать его достаточно большим (я сдался в workspace=2e8, который все еще не работает; закончилась нехватка памяти workspace=2e9.) Вы также можете попробовать моделируемые значения p, например fisher.test(Finaltable,simulate.p.value=TRUE,B=1e7) (например), но поскольку значение p чрезвычайно мало, вам понадобится огромное количество симуляций (B), если вы хотите сделать больше, чем связать значение p, которое также будет быть очень медленным. (Для большинства целей знание p <1e-7 более чем достаточно - но в некоторых контекстах биоинформатики люди хотят использовать p как показатель силы сигнала и/или налагать массивные сравнения с несколькими исправлениями. "Мне очень нравятся эти подходы, но они там...)