GIT diff говорит, что OLD-режим равен 100644, а новый режим - 100755, но nops

Вот ситуация:

Наш сервер получил компрометацию, и на самом деле это было связано с плохими разрешениями в файлах. Сотрудник изменил некоторые разрешения файлов непосредственно на рабочем сервере. Теперь, когда вы выполняете GIT diff, я вижу следующее для большого количества файлов:

diff --git a/.gitignore b/.gitignore
old mode 100644
new mode 100755

Однако, когда я делаю ls -la .gitignore, я вижу следующее:

r-xrwx--- 1 admin staff 1277 May 14  2013 .gitignore

Итак, мой вопрос:

  • Почему GIT скажет, что новый режим - 100755, но его на самом деле нет?

  • Я хочу, чтобы эти разрешения оставались на реальном сервере, и я боюсь, что, когда я выйду из источника, они уйдут. Как я могу избежать этого?