Требования:
- бесплатно, желательно с открытым исходным кодом
- реализован в одном из управляемых .NET языков
Google нашла следующее:
- Общий, многоразовый Diff Алгоритм по codeproject
- Алгоритм разности O (ND) для С#
- Библиотека Diff/Merge/Patch для С#/. NET от Joshua Tauberer
EDIT:
Нет приложений, пожалуйста, только библиотеки.