В основном элемент Media занял много кода, чтобы описать, что делать, когда у вас было более одного файла CAB. Элемент MediaTemplate - это синтаксический сахар, который уменьшает его до одной строки.
Многим более мелким установщикам всего лишь 1 CAB не волнует тот или иной способ. Но когда вы начнете создавать большие MSI, это поможет.