"установка пакета" FILE_PATH "имела ненулевой статус выхода" в R

Устанавливая пакет в R с помощью следующей команды:

install.packages('FILE_PATH', repos=NULL, type = "source")

Я получил следующую ошибку:

Установка пакета в /home/p/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0 (поскольку lib не указана) Ошибка в rawToChar (блок [seq_len (ns)]): встроенный nul в строку: 'PK\003\004\024\0\002\0\Ъ\0]\xadVCr\XCB\хеа\xfcR\0\0\0\xa7\0\0\0\027\0\0\0bivpois-RCODE/. Rhistory+\xce / -JN\xd5PO\XCA +\xc8\XCF,\xd6 + IL\xcaI\xd5\УЙ\xd7\xe4\xe5 *\x86J\xe5\xe4\хеа%\025'\b\xa5d\xa2\v 楖\xe7%\xe6 'Предупреждение: в install.packages("/home/p/Research/14_bivpois-Rcode.zip", repos = NULL,: установка пакета'/home/p/Research/14_bivpois-Rcode.zip имел ненулевой статус выхода

Версия R - 3.0.2 (2013-09-25) -- "Frisbee Sailing" а ОС - Linux Mint (UNIX).

Почему я получаю эту ошибку и что это значит:

установка пакета /home/p/Research/14_bivpois-Rcode.zip имела ненулевой статус выхода

в R?

Вы можете найти пакет здесь, и файл 14_bivpois-Rcode.zip является источником.

Я попытался установить это локально, и путь правильный.

Любое предложение установить этот пакет в UNIX?

Ответ 1

Файл .zip, предоставленный авторами, не является допустимым R-пакетом, и они утверждают, что источник предназначен для "прямого использования" в R (по которому я предполагаю, что они означают, что нужно загружать включенные функции вручную). non-zero exit status просто указывает на наличие ошибки при установке "пакета".

Вы можете извлечь архив вручную, а затем загрузить функции там, например, source('bivpois.table.R'), или загрузить файл .RData, который они предоставляют, и загрузить его в рабочее пространство с помощью load('.RData'). Это не устанавливает функции как часть пакета; скорее, он загружает функции в вашу глобальную среду, делая их временно доступными.

Вы можете загружать, извлекать и загружать .RData из R следующим образом:

download.file('http://stat-athens.aueb.gr/~jbn/papers/files/14/14_bivpois_RDATA.zip', 
              f <- tempfile())
unzip(f, exdir=tempdir())
load(file.path(tempdir(), '.RData'))

Если вы хотите, чтобы файл .RData был доступен в текущем рабочем каталоге, который будет загружен в будущем, вы можете использовать следующее:

download.file('http://stat-athens.aueb.gr/~jbn/papers/files/14/14_bivpois_RDATA.zip', 
              f <- tempfile())
unzip(f, exdir=tempdir())
file.copy(file.path(tempdir(), '.RData'), 'bivpois.RData')
# the above copies the .RData file to a file called bivpois.RData in your current 
# working directory.
load('bivpois.RData')

В будущих сеансах R вы можете просто позвонить load('bivpois.RData').

Ответ 2

Простая установка следующих libs на вашем Linux.
curl: sudo apt-get install curl
libssl-dev: sudo apt-get install libssl-dev
libcurl: sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev
xml2: sudo apt-get install libxml2-dev

Ответ 3

Вы можете попробовать использовать команду: install.packages('* имя_пакета', dependencies = TRUE)

Например, вам нужно установить пакет "caret" на вашем компьютере R в Linux: install.packages('caret', dependencies = TRUE)

Таким образом, будут загружены все зависимости для пакета.

Ответ 4

Вы проверили пакет gsl в своей системе. Попробуйте следующее:

ldconfig-p | grep gsl

Если установлен gsl, он отобразит путь конфигурации. Если он не находится в стандартном пути /usr/lib/, тогда вам нужно сделать следующее в bash:

export PATH=$PATH:/your/path/to/gsl-config

Если gsl не установлен, просто выполните

sudo apt-get install libgsl0ldbl
sudo apt-get install gsl-bin libgsl0-dev

У меня возникла проблема с пакетом mvabund, и это исправило ошибку

Ура!

Ответ 5

У меня была аналогичная проблема с установкой пакета под названием AED. Я попытался использовать команду install.packages():

install.packages('FILE_PATH', repos=NULL, type = "source")

но продолжал получать следующее предупреждающее сообщение:

Warning message:
In install.packages("/Users/blahblah/R-2.14.0/AED",  :
installation of package ‘/Users/blahblah/R-2.14.0/AED’ had
non-zero exit status

Оказалось, что в папке AED есть еще одна папка, которая не была несжата. Я просто не сжал его и попытался установить пакет снова, и он сработал.

Ответ 6

Попробуйте использовать это:

    apt-get install r-base-dev

Это поможет. После этого я мог сделать install.packages('//package_name')

Ответ 7

У меня была та же проблема с определенным пакетом в R, и решение было, я должен был установить в терминале Ubuntu libcurl. Посмотрите на информацию, которая появляется выше, объясняя нам, что пакет curl имеет ошибку установки.

Я знал это о сообщении:

Configuration failed because libcurl was not found. Try installing:
 * deb: libcurl4-openssl-dev (Debian, Ubuntu, etc)
 * rpm: libcurl-devel (Fedora, CentOS, RHEL)
 * csw: libcurl_dev (Solaris)
If libcurl is already installed, check that 'pkg-config' is in your
PATH and PKG_CONFIG_PATH contains a libcurl.pc file. If pkg-config
is unavailable you can set INCLUDE_DIR and LIB_DIR manually via:
R CMD INSTALL --configure-vars='INCLUDE_DIR=... LIB_DIR=...'

Для его установки я использовал команду net:

sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev

Иногда мы не можем установить определенный пакет в R, потому что у нас есть проблемы с пакетами, которые должны быть установлены ранее как пакет curl. Чтобы узнать, должны ли мы установить его, мы должны проверить ошибки предупреждения, такие как: у установки пакета 'curl был ненулевой статус выхода.

Я надеюсь, что был полезен

Ответ 8

У меня была такая же проблема, но ответ @little_chemist помог мне разобраться с этим. При установке пакетов из файла в операционной системе Unix (для меня Ubuntu 18.04) файл не может быть заархивирован. Ты используешь:

install.packages("/home/p/Research/14_bivpois-Rcode.zip", repos = NULL, type="source")

Я заметил, что решение было так же просто, как распаковать пакет. Кроме того, разархивируйте все (связанные с установкой?) Пакеты внутри, как указывает @little_chemist. Затем используйте install.packages:

install.packages("/home/p/Research/14_bivpois-Rcode", repos = NULL, type="source")

Надеюсь, поможет!