Проблемы с установкой пакета r через devtools install_github

Я разрабатываю два пакета на GitHub, и я пытаюсь установить их с помощью команды devtools::install_github().

Поскольку репозитории являются закрытыми, я создал auth_token для моей учетной записи (насколько я вижу, нет способа сделать это для одного репо?)

devtools::install_github("mariodejung/rMQanalysis", 
                         auth_token="6cd2dbe8bd1f062842b90afXXXXXXXXXXXXXXXXX", 
                         ref="develop", 
                         dependencies=TRUE)
devtools::install_github("mariodejung/cfpscripts", 
                         auth_token="6cd2dbe8bd1f062842b90afXXXXXXXXXXXXXXXXX", 
                         ref="develop")

Установка первого пакета работает, как ожидается, вторая запускает установку, но останавливается с ошибкой и по какой-либо причине упоминает о первом уже установленном пакете. См. Ошибку в комментарии в конце. Я не знаю, почему это происходит и как его решить.

Я добавил сообщение об ошибке ниже, так как я уже кое-что изменил.

Извините за изменение auth_token, но script должен оставаться закрытым на данный момент.

Я также проверил, чтобы установить оба пакета только с одной командой, но это приводит к тому же сообщению об ошибке. Я также добавил переменную GITHUB_PAT в моей среде, как это было предложено из комментариев, чтобы публично не использовать токен auth.

devtools::install_github(c("mariodejung/rMQanalysis","mariodejung/cfpscripts"), 
                         ref="develop", 
                         dependencies=TRUE)

Эта команда теперь успешно устанавливает пакет rMQanalysis и не работает с тем же сообщением об ошибке при установке cfpscripts. По-прежнему не знаю, как понять, в чем проблема. Он работает на других машинах. Также устанавливаются все зависимости.

devtools::install_github(c("mariodejung/rMQanalysis","mariodejung/cfpscripts"), ref='develop', quiet=FALSE)
Using GitHub PAT from envvar GITHUB_PAT
Downloading GitHub repo mariodejung/[email protected]
from URL https://api.github.com/repos/mariodejung/rMQanalysis/zipball/develop
Installing rMQanalysis
"C:/PROGRA~1/R/R-32~1.5/bin/x64/R" --no-site-file --no-environ --no-save --no-restore --quiet CMD INSTALL  \
  "C:/Users/cfproteomics/AppData/Local/Temp/RtmpktvmUK/devtools43850da641a/mariodejung-rMQanalysis-0e38dd3463ea830b19f0afa2ade6f2e14db93041"  \
  --library="C:/Users/cfproteomics/Documents/R/win-library/3.2" --install-tests 

* installing *source* package 'rMQanalysis' ...
** R
** data
*** moving datasets to lazyload DB
** inst
** tests
** preparing package for lazy loading
** help
No man pages found in package  'rMQanalysis' 
*** installing help indices
** building package indices
** installing vignettes
** testing if installed package can be loaded
*** arch - i386
*** arch - x64
* DONE (rMQanalysis)
Downloading GitHub repo mariodejung/[email protected]
from URL https://api.github.com/repos/mariodejung/cfpscripts/zipball/develop
Installing cfpscripts
Downloading GitHub repo mariodejung/[email protected]
from URL https://api.github.com/repos/mariodejung/rMQanalysis/zipball/develop
Error in stop(github_error(request)) : Not Found (404)

Я также использовал функцию traceback(), но она не дает больше информации...

15: stop(github_error(request))
14: download_github(dest, src, auth)
13: remote_download.github_remote(remote, quiet = quiet)
12: remote_download(remote, quiet = quiet)
11: FUN(X[[i]], ...)
10: vapply(remotes, install_remote, ..., FUN.VALUE = logical(1))
9: install_remotes(object$remote[behind], ..., quiet = quiet)
8: update.package_deps(pkg, ..., Ncpus = threads, quiet = quiet, 
       upgrade = upgrade)
7: update(pkg, ..., Ncpus = threads, quiet = quiet, upgrade = upgrade)
6: install_deps(pkg, dependencies = initial_deps, upgrade = upgrade_dependencies, 
       threads = threads, force_deps = force_deps, quiet = quiet, 
       ...)
5: install(source, ..., quiet = quiet, metadata = metadata)
4: FUN(X[[i]], ...)
3: vapply(remotes, install_remote, ..., FUN.VALUE = logical(1))
2: install_remotes(remotes, quiet = quiet, ...)
1: devtools::install_github(c("mariodejung/rMQanalysis", "mariodejung/cfpscripts"), 
       ref = "develop", quiet = FALSE)

UPDATE2

Вся проблема кажется ошибкой в ​​devtools 1.12.0. Он отлично работает в 1.11.1.
Я понял, что мой пакет rMQanalysis упоминается в cfpscripts как Imports:. Если я удалю этот оператор Imports: из Description, пакет устанавливается отлично.
Мне все еще интересно, почему я не могу установить dependencies=FALSE, чтобы предотвратить install_github установку зависимых пакетов.

Я заполнил уже отчет об ошибке devtools, но пока не ответил.

Ответ 1

Вы пытались загрузить или клонировать репозиторий [с тех пор, как вы заплатили] и установить из источника?

install.packages("/Path/to/source", repos=NULL, type="source")

Ответ 2

Есть некоторые ошибки, связанные с установкой из частного репозитория GitHub в последней версии devtools. Я поднял issue и сделал PR, Вы можете найти причины для этих проблем.