Я разрабатываю два пакета на GitHub, и я пытаюсь установить их с помощью команды devtools::install_github()
.
Поскольку репозитории являются закрытыми, я создал auth_token
для моей учетной записи (насколько я вижу, нет способа сделать это для одного репо?)
devtools::install_github("mariodejung/rMQanalysis",
auth_token="6cd2dbe8bd1f062842b90afXXXXXXXXXXXXXXXXX",
ref="develop",
dependencies=TRUE)
devtools::install_github("mariodejung/cfpscripts",
auth_token="6cd2dbe8bd1f062842b90afXXXXXXXXXXXXXXXXX",
ref="develop")
Установка первого пакета работает, как ожидается, вторая запускает установку, но останавливается с ошибкой и по какой-либо причине упоминает о первом уже установленном пакете. См. Ошибку в комментарии в конце. Я не знаю, почему это происходит и как его решить.
Я добавил сообщение об ошибке ниже, так как я уже кое-что изменил.
Извините за изменение auth_token
, но script должен оставаться закрытым на данный момент.
Я также проверил, чтобы установить оба пакета только с одной командой, но это приводит к тому же сообщению об ошибке. Я также добавил переменную GITHUB_PAT
в моей среде, как это было предложено из комментариев, чтобы публично не использовать токен auth.
devtools::install_github(c("mariodejung/rMQanalysis","mariodejung/cfpscripts"),
ref="develop",
dependencies=TRUE)
Эта команда теперь успешно устанавливает пакет rMQanalysis
и не работает с тем же сообщением об ошибке при установке cfpscripts
. По-прежнему не знаю, как понять, в чем проблема. Он работает на других машинах. Также устанавливаются все зависимости.
devtools::install_github(c("mariodejung/rMQanalysis","mariodejung/cfpscripts"), ref='develop', quiet=FALSE)
Using GitHub PAT from envvar GITHUB_PAT
Downloading GitHub repo mariodejung/[email protected]
from URL https://api.github.com/repos/mariodejung/rMQanalysis/zipball/develop
Installing rMQanalysis
"C:/PROGRA~1/R/R-32~1.5/bin/x64/R" --no-site-file --no-environ --no-save --no-restore --quiet CMD INSTALL \
"C:/Users/cfproteomics/AppData/Local/Temp/RtmpktvmUK/devtools43850da641a/mariodejung-rMQanalysis-0e38dd3463ea830b19f0afa2ade6f2e14db93041" \
--library="C:/Users/cfproteomics/Documents/R/win-library/3.2" --install-tests
* installing *source* package 'rMQanalysis' ...
** R
** data
*** moving datasets to lazyload DB
** inst
** tests
** preparing package for lazy loading
** help
No man pages found in package 'rMQanalysis'
*** installing help indices
** building package indices
** installing vignettes
** testing if installed package can be loaded
*** arch - i386
*** arch - x64
* DONE (rMQanalysis)
Downloading GitHub repo mariodejung/[email protected]
from URL https://api.github.com/repos/mariodejung/cfpscripts/zipball/develop
Installing cfpscripts
Downloading GitHub repo mariodejung/[email protected]
from URL https://api.github.com/repos/mariodejung/rMQanalysis/zipball/develop
Error in stop(github_error(request)) : Not Found (404)
Я также использовал функцию traceback()
, но она не дает больше информации...
15: stop(github_error(request))
14: download_github(dest, src, auth)
13: remote_download.github_remote(remote, quiet = quiet)
12: remote_download(remote, quiet = quiet)
11: FUN(X[[i]], ...)
10: vapply(remotes, install_remote, ..., FUN.VALUE = logical(1))
9: install_remotes(object$remote[behind], ..., quiet = quiet)
8: update.package_deps(pkg, ..., Ncpus = threads, quiet = quiet,
upgrade = upgrade)
7: update(pkg, ..., Ncpus = threads, quiet = quiet, upgrade = upgrade)
6: install_deps(pkg, dependencies = initial_deps, upgrade = upgrade_dependencies,
threads = threads, force_deps = force_deps, quiet = quiet,
...)
5: install(source, ..., quiet = quiet, metadata = metadata)
4: FUN(X[[i]], ...)
3: vapply(remotes, install_remote, ..., FUN.VALUE = logical(1))
2: install_remotes(remotes, quiet = quiet, ...)
1: devtools::install_github(c("mariodejung/rMQanalysis", "mariodejung/cfpscripts"),
ref = "develop", quiet = FALSE)
UPDATE2
Вся проблема кажется ошибкой в devtools 1.12.0
. Он отлично работает в 1.11.1
.
Я понял, что мой пакет rMQanalysis
упоминается в cfpscripts
как Imports:
. Если я удалю этот оператор Imports:
из Description
, пакет устанавливается отлично.
Мне все еще интересно, почему я не могу установить dependencies=FALSE
, чтобы предотвратить install_github
установку зависимых пакетов.
Я заполнил уже отчет об ошибке devtools, но пока не ответил.