Каков самый быстрый способ объединить 100 CSV файлов с заголовками в один со следующей настройкой:
- Общий размер файлов - 200 МБ. (Размер уменьшен, чтобы сделать время вычисления видимо)
- Файлы расположены на SSD с максимальной скоростью 240 МБ/с.
- Процессор имеет 4 ядра, поэтому многопоточность и несколько процессов допускается.
- Существует только один node (важный для Spark)
- Доступная память - 15 ГБ. Таким образом, файлы легко вписываются в память.
- ОС - Linux (Debian Jessie)
- Компьютер фактически является экземпляром n1-standard-4 в облаке Google.
(Детальная настройка была включена, чтобы уточнить сферу охвата вопроса. Изменения были сделаны в соответствии с отзывами здесь)
Файл 1.csv:
a,b
1,2
Файл 2.csv:
a,b
3,4
Final out.csv:
a,b
1,2
3,4
Согласно моим критериям, самым быстрым из всех предложенных методов является чистый питон. Есть ли более быстрый метод?
Бенчмарки (Обновлены с помощью методов комментариев и сообщений):
Method Time
pure python 0.298s
sed 1.9s
awk 2.5s
R data.table 4.4s
R data.table with colClasses 4.4s
Spark 2 40.2s
python pandas 1min 11.0s
Версии инструментов:
sed 4.2.2
awk: mawk 1.3.3 Nov 1996
Python 3.6.1
Pandas 0.20.1
R 3.4.0
data.table 1.10.4
Spark 2.1.1
Код в ноутбуках Jupyter:
СЭД:
%%time
!head temp/in/1.csv > temp/merged_sed.csv
!sed 1d temp/in/*.csv >> temp/merged_sed.csv
Pure Python все двоичные операции чтения-записи с недокументированным поведением "next":
%%time
with open("temp/merged_pure_python2.csv","wb") as fout:
# first file:
with open("temp/in/1.csv", "rb") as f:
fout.write(f.read())
# now the rest:
for num in range(2,101):
with open("temp/in/"+str(num)+".csv", "rb") as f:
next(f) # skip the header
fout.write(f.read())
AWK:
%%time
!awk 'NR==1; FNR==1{{next}} 1' temp/in/*.csv > temp/merged_awk.csv
R data.table:
%%time
%%R
filenames <- paste0("temp/in/",list.files(path="temp/in/",pattern="*.csv"))
files <- lapply(filenames, fread)
merged_data <- rbindlist(files, use.names=F)
fwrite(merged_data, file="temp/merged_R_fwrite.csv", row.names=FALSE)
R data.table с colClasses:
%%time
%%R
filenames <- paste0("temp/in/",list.files(path="temp/in/",pattern="*.csv"))
files <- lapply(filenames, fread,colClasses=c(
V1="integer",
V2="integer",
V3="integer",
V4="integer",
V5="integer",
V6="integer",
V7="integer",
V8="integer",
V9="integer",
V10="integer"))
merged_data <- rbindlist(files, use.names=F)
fwrite(merged_data, file="temp/merged_R_fwrite.csv", row.names=FALSE)
Искра (pyspark):
%%time
df = spark.read.format("csv").option("header", "true").load("temp/in/*.csv")
df.coalesce(1).write.option("header", "true").csv("temp/merged_pyspark.csv")
Python pandas:
%%time
import pandas as pd
interesting_files = glob.glob("temp/in/*.csv")
df_list = []
for filename in sorted(interesting_files):
df_list.append(pd.read_csv(filename))
full_df = pd.concat(df_list)
full_df.to_csv("temp/merged_pandas.csv", index=False)
Данные генерировались:
%%R
df=data.table(replicate(10,sample(0:9,100000,rep=TRUE)))
for (i in 1:100){
write.csv(df,paste0("temp/in/",i,".csv"), row.names=FALSE)
}