В Visual Studio 2008, если у вас есть веб-проект, вы можете использовать меню Build → Publish Web.
Могу ли я получить тот же результат с помощью msbuild через командную строку?
Нашел ответ в этом сообщении в блоге: Как опубликовать веб-сайт с помощью MSBuild.
Более подробно здесь: Использование MSBuild для развертывания веб-приложений visual studio 2005.