Использование string.Split, then byte.Parse в цикле - самый простой способ. Вы можете выжать немного больше производительности, если знаете, что каждый байт дополняется двумя шестнадцатеричными цифрами, между ними всегда ровно одна тире, пропуская строку. Разбиение и просто переход по трем символам за раз.