После обзора/уточнения идеальной структуры проекта для проекта ruby (non-rails/merb/etc). Я предполагаю, что это следует по строкам:
app/
bin/ #Files for command-line execution
lib/
appname.rb
appname/ #Classes and so on
Rakefile #Running tests
README
test,spec,features/ #Whichever means of testing you go for
appname.gemspec #If it a gem
У меня что-то не так? Какие части я пропустил?