Чтобы он отображался как легенда по умолчанию (заимствование из кода @Andrie):
ggplot(results, aes(x=factor, y=proportionPositive)) +
geom_boxplot() +
stat_summary(fun.data = "mean_cl_normal",
aes(shape=""), # Leave empty
colour = "red",
geom="point") +
scale_shape_manual("mean", values= "") # Will show mean on top of the line