Вы загружаете файл в PHPExcel с помощью считывателя и метода load(), затем сохраняете этот файл с помощью автора и метода save()... но сам PHPExcel не знает об источнике объекта PHPExcel... вам все равно, загрузили ли вы его из файла (или какого типа файла) или создали его вручную.
Таким образом, нет понятия "открытие для чтения/записи". Вы просто читаете файл по имени и сохраняете его с тем же именем. Это заменит исходный файл на любые изменения, внесенные вами в script.