Я пробовал все декомпиляторы, о которых я знаю для Eclipse, и я еще не видел тот, который строит исходные номера строк с источником, который он показывает. Плагин JD-Eclipse, на который вы ссылаетесь, является самым близким с комментариями к исходным номерам строк. Слишком плохо, что он не сгенерировал источник, чтобы выровнять их. Как правило, лучше всего отследить исходный источник для подключения к Eclipse. В противном случае вам просто нужно искать номер строки в комментариях с помощью JD-Eclipse.