Вам нужно понять, что JS работает на клиентах, как только страница загружается, все равно, была ли страница страницей php или jsp или asp. Он выполняет DOM и относится только к нему.
Однако вы можете сделать что-то вроде этого
var newLocation = "<?php echo $newlocation; ?>";
window.location = newLocation;
Вы видите, что к моменту загрузки script приведенный выше код отображается в другой форме, что-то вроде этого
var newLocation = "your/redirecting/page.php";
window.location = newLocation;
Как и выше, существует много возможностей слияния php и js, и один из них вы не являетесь одним из них.