Я заметил это в изменениях R 2.14:
R CMD Sweave теперь имеет опцию --pdf для создания PDF-версии обработанного документа Sweave.
Попробовав это, я заметил, что он не только выполнил pdfLaTeX в полученном tex, но и правильно включил ссылки bibTeX и впоследствии очистился. Похоже, очень хороший способ использования Sweave (не говоря уже о том, как легко теперь реализовать всю процедуру в редакторах).
Но что именно это сейчас работает? Я больше не мог найти подробностей. Кажется, Sweave → pdflatex → bibtex → pdflatex → pdflatex не менее?