Вопрос в значительной степени говорит обо всем. Какую поддержку JVM GC мы должны использовать и с какой конфигурацией минимизировать влияние GC в приложении?
EDIT: Linux Ubuntu 64-бит:
java version "1.6.0_26"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.6.0_26-b03)
Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (build 20.1-b02, mixed mode)