Я использую Python script, работающий в Cygwin-сборке Python, для создания команд, выпущенных для родных утилит Windows (не Cygwin-aware). Это требует преобразования параметров пути из POSIX в форму WIN перед выдачей команды.
Вызов утилиты cygpath - это лучший способ сделать это, поскольку он использует Cygwin для выполнения того, что он должен делать, но также немного ужасающий (и медленный).
Я уже запускаю Cygwin-сборку Python - так что код для преобразования присутствует. Похоже, что должно существовать специальное расширение Cygwin/Python, которое дает мне возможность подключиться к этой возможности прямо на Python без необходимости запуска совершенно нового процесса.