Установить rpy2 на Windows7 64bit для Python 2.7

Я пытаюсь создать и установить rpy2 Python Module. Но получил ошибку (см. Ниже).

У меня R установлен в C:\Program Files\R\R-2.15.0\, а R.h находится в C:\Program Files\R\R-2.15.0\include. Как сообщить setup.py, чтобы найти заголовок R в этом каталоге?

Оба Python и R были установлены с использованием официального бинарного файла для Windows 64bit.

Может кто-нибудь внести бинарную сборку rpy2 для Windows 64bit и Python2.7 64bit? Кристоф Гольке сказал по юридическим или техническим причинам, rpy2 не включен в его Неофициальные бинарные файлы Windows для пакетов расширения Python. Кто-нибудь еще ударил?

Спасибо!

Учитывая следующий процесс:

$ python setup.py  build
running build
running build_py
running build_ext

returned an empty string. (5 times)

С этой конфигурацией для R в качестве библиотеки:

include_dirs: ()
libraries: ()
library_dirs: ('C:/PROGRA~1/R/R-215~1.0/bin/i386',)
extra_link_args: ()
 # OSX-specific (included in extra_link_args)
  framework_dirs: ()
  frameworks: ()

build 'rpy2.rinterface._rinterface', используя следующую команду:

C:\Program Files (x86)\Microsoft Visual Studio 9.0\VC\BIN\amd64\cl.exe /c 
/nologo /Ox /MD /W3 /GS- /DNDEBUG -DWin32=1 -DCSTACK_DEFNS=1 
-I.\rpy\rinterface -IC:\Python27\include -IC:\Python27\PC 
/Tc.\rpy\rinterface\_rinterface.c 
/Fobuild\temp.win-amd64-2.7\Release\.\rpy\rinterface\_rinterface.obj
_rinterface.c

дает эту ошибку:

.\rpy\rinterface\_rinterface.c(61) : fatal error C1083: Cannot open include file: 
'R.h': No such file or directory
error: command '"C:\Program Files (x86)\Microsoft Visual Studio 9.0\VC\BIN\amd64\cl.exe"' 
failed with exit status 2

Ответ 1

Здесь ссылка на двоичные файлы rpy2 Windows, все версии Python и x86/x64:

http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#rpy2

Ответ 2

Мой опыт (2.7.9 (по умолчанию, 10 декабря 2014, 12:28:03) [MSC v.1500 64 бит (AMD64)]): - все двоичные установщики - очевидно, rpy2 имеет неопределенные зависимости - установить numpy и scipy (двоичные файлы win_amd64) с их неопределенными зависимостями

установить R, установить необходимые пакеты
установить pywin32
"pip install singleledispatch"
"pip install rpy2-2.5.6-cp27-none-win_amd64.whl"
среда обновления, например. os.environ ['R_HOME'] = r'C:\Program Files\R\R-3.1.3 ' os.environ ['R_USER'] = r'C:\Python27\Lib\site-packages\rpy2 '

Ответ 3

Эта ссылка на двоичный файл работает для меня, я надеюсь, что другие считают это полезным: ссылка на двоичный файл

Ответ 4

Я пробовал все это на своей Windows 10 и нигде не попадал. Когда я сделал pip, он сказал, что он был установлен в версию Anaconda, которую я использовал в течение нескольких месяцев, но когда я попробовал import rpy, он просто дал ошибку.

Собирался сдаться, но потом я проспал на нем ночь, а затем я сделал следующее из командной строки:

Удалены все мои старые экземпляры Python, включая Anaconda
перезагружается
Переустановленная Anaconda (2.4.1 с Python версии 2.7.11)
Убедитесь, что python запускается из командной строки из любого каталога
запустил мою оболочку "mingw32" bash (ту, которая поставляется с git)
Установите мою личную переменную среды R_HOME в C:\Program Files\R\R-3.2.3
Скачан rpy2-2.7.5-cp27-none-win_amd64.whl из http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#rpy2, как было предложено выше.
Изменен рабочий каталог для моего каталога Downloads
Установил его с помощью pip install rpy2-2.7.5-cp27-none-win_amd64.whl
Запущен python и успешно импортирован и rn py2

Вот скриншот заключительных шагов:

[email protected] ~/Downloads
$ pip install rpy2-2.7.5-cp27-none-win_amd64.whl
Processing c:\users\mwise\downloads\rpy2-2.7.5-cp27-none-win_amd64.whl
Requirement already satisfied (use --upgrade to upgrade): six in c:\users\mwise\appdata\local\continuum\anaconda2\lib\site-packages (from rpy2==2.7.5)
Requirement already satisfied (use --upgrade to upgrade): singledispatch in c:\users\mwise\appdata\local\continuum\anaconda2\lib\site-packages (from rpy2==2.7.5
)
Installing collected packages: rpy2
Successfully installed rpy2-2.7.5

[email protected] ~/Downloads
$ python
Python 2.7.11 |Anaconda 2.4.1 (64-bit)| (default, Dec  7 2015, 14:10:42) [MSC v.1500 64 bit (AMD64)] on win32
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
Anaconda is brought to you by Continuum Analytics.
Please check out: http://continuum.io/thanks and https://anaconda.org
>>> import rpy2
>>> import rpy2.robjects as robjects
>>> pi = robjects.r['pi']
>>> pi[0]
3.141592653589793
>>>

В надежде, что это поможет кому-то по очереди...

Ответ 5

Я тоже работаю над этим. Библиотеки и т.д. Укажите, что вы собираете 32-битную версию i386. Добавить "C:\Program Files\R\R-2.15.1\include" включить каталог может помочь устранить проблему. Это самый дальний у меня:

building 'rpy2.rinterface._rinterface' extension
error: Unable to find vcvarsall.bat

С MSVC express shell и R x64 и msys sh в пути.

Ответ 6

Это связано с тем, что ваша библиотека включения R не входит в переменную среды CPPFLAGS. Вы должны найти файл R.h в своем "C:\Program Files\R\R-2.15.0\include". В linux вы можете добавить это в свой .bashrc

export "$CPPFLAGS=-I/path-to-R/include $CPPFLAGS"

Но я не знаком с python и R в окнах. Это все, что я могу вам помочь.