Obj-C или MonoTouch C# ответы в порядке.
Исходный UIWindow RootViewController - это простой экран входа.
window.RootViewController = loginScreen;
После входа в систему я установил Root в основное приложение
window.RootViewController = theAppScreen;
Как переместить Fade-переход между двумя RootViewControllers в этом экземпляре?