В соответствии с документацией, как Region, так и Pane будут изменять размер любых изменяемых размеров дочерних узлов до их предпочтительного размера, но не будут их изменять.
Итак, я не вижу, где сохраняются различия между этими двумя контейнерами и когда они используются.