Как вы закрываете рамку emacsclient, не убивая сервера/демона?
Выполнение C-x C-c
или C-x 5 0
в gui приведет к завершению работы как с кадром, так и с сервером (и другими клиентами), в то время как это просто выйдет из текущего кадра, когда он сделан из терминала.
(Ps: Моя версия emacs - 24.2, gtk. Я пробовал без init файла, чтобы узнать, не идет ли она из моей конфигурации, но результаты были одинаковыми)