Как установить пакет topicmodels в R?

Я пытаюсь установить пакет с именем topicmodels в R, и у меня не было успеха. Вот что я пробовал...

Действие: Установите пакет с помощью install.packages("topicmodels")

Результат:

package ‘topicmodels’ is available as a source package but not as a binary

Warning in install.packages :
  package ‘topicmodels’ is not available (for R version 3.1.0)

Итак, я сказал, хорошо, пусть установка из источника

Действие: install.packages("/Users/my_name/Downloads/topicmodels_0.2-1.tar.gz",repos=NULL,type="source")

Результат:

* installing *source* package ‘topicmodels’ ...
** package ‘topicmodels’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** libs
clang -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG  -I/usr/local/include -I/usr/local/include/freetype2 -I/opt/X11/include    -fPIC  -Wall -mtune=core2 -g -O2  -c cokus.c -o cokus.o
clang -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG  -I/usr/local/include -I/usr/local/include/freetype2 -I/opt/X11/include    -fPIC  -Wall -mtune=core2 -g -O2  -c common.c -o common.o
clang -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG  -I/usr/local/include -I/usr/local/include/freetype2 -I/opt/X11/include    -fPIC  -Wall -mtune=core2 -g -O2  -c ctm.c -o ctm.o
ctm.c:29:10: fatal error: 'gsl/gsl_rng.h' file not found

include gsl/gsl_rng.h

1 error generated.
make: *** [ctm.o] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘topicmodels’
* removing ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/topicmodels’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘/Users/me/Downloads/topicmodels_0.2-1.tar.gz’ had non-zero exit status

Итак, я исследовал эту вещь gsl и пришел к этой ссылке. И на данный момент я думал, что все мои проблемы исчезли, и когда я, наконец, следую этим указаниям. Я получаю следующую ошибку (в терминале)...

Warning in untar2(tarfile, files, list, exdir, restore_times) :
  using pax extended headers
ERROR: cannot extract package from ‘topicmodels.tar.gz’

Ответ 1

Прежде всего, вы должны установить gsl. После установки вы можете попробовать установить пакет R. Вы можете скачать gsl из здесь (там вы можете выбрать последнюю версию gsl-latest.tar.gz). После его загрузки установите его, выполнив следующие действия:

Декомпрессировать загруженный файл (в моем случае "последний" файл содержал эту версию: gsl-1.16)
Откройте "Терминал"
Затем (используя терминал) переместитесь в папку, созданную на шаге 1. В моем случае у меня был файл в папке "Загрузки", поэтому я перешел во вновь созданную папку, выполнив:
```
cd Downloads/gsl-1.16
```
Как только вы попадете в эту папку, запустите следующие команды (по порядку):
```
./configure
make
sudo make install
```
После этого вы не получите предыдущую ошибку с сообщением fatal error: 'gsl/gsl_rng.h' file not found, чтобы повторить установку.
Теперь вернитесь в среду R (например, RStudio), чтобы снова попробовать установить пакет, выполнив следующие действия:
```
install.packages("PATH_TO_TOPIC_MODELS.tar.gz", repos=NULL, type="source").
```

У меня была такая же проблема, и после этого я правильно установил пакет R, надеюсь, он также будет работать в вашем случае.

Ответ 2

Если вы уже используете доморощенный. Лучше и быстрее исправлять переменные, чем вручную устанавливать gsl из источника.

Установить gsl с homebrew brew install gsl
Изменить ~/.R/Makevars и добавить.

PKG_LIBS = -L/USR/локальные/Opt/Gettext/Библиотека
CFLAGS = -I/USR/локальные/Opt/GSL/включить
LDFLAGS = -L/usr/local/opt/gsl/lib -lgsl -lgslcblas