BLAS/LAPACK не установлен: как его установить?

Я пытаюсь запустить pip install tsne для python2.7, и я продолжаю получать ту же ошибку. Я выполнил инструкции http://bickson.blogspot.com/2011/02/installing-blaslapackitpp-on-amaon-ec2.html и установил LAPACK/BLAS, которые, как я думал, должны были решить проблему. Ничего не помогло. Что я делаю не так? Я менее знаком с bash.

running build_ext

cythoning tsne/bh_sne.pyx to tsne/bh_sne.cpp

building 'bh_sne' extension

creating build/temp.linux-x86_64-2.7

creating build/temp.linux-x86_64-2.7/tsne

creating build/temp.linux-x86_64-2.7/tsne/bh_sne_src

x86_64-linux-gnu-gcc -pthread -fno-strict-aliasing -DNDEBUG -g -fwrapv -O2 -Wall -Wstrict-prototypes -fPIC -I/home/ubuntu/env/work/local/lib/python2.7/site-packages/numpy/core/include -I/usr/local/include -Itsne/bh_sne_src/ -I/usr/include/python2.7 -c tsne/bh_sne_src/quadtree.cpp -o build/temp.linux-x86_64-2.7/tsne/bh_sne_src/quadtree.o -msse2 -O3 -fPIC -w

cc1plus: warning: command line option ‘-Wstrict-prototypes’ is valid for C/ObjC but not for C++ [enabled by default]

x86_64-linux-gnu-gcc -pthread -fno-strict-aliasing -DNDEBUG -g -fwrapv -O2 -Wall -Wstrict-prototypes -fPIC -I/home/ubuntu/env/work/local/lib/python2.7/site-packages/numpy/core/include -I/usr/local/include -Itsne/bh_sne_src/ -I/usr/include/python2.7 -c tsne/bh_sne_src/tsne.cpp -o build/temp.linux-x86_64-2.7/tsne/bh_sne_src/tsne.o -msse2 -O3 -fPIC -w

cc1plus: warning: command line option ‘-Wstrict-prototypes’ is valid for C/ObjC but not for C++ [enabled by default]

x86_64-linux-gnu-gcc -pthread -fno-strict-aliasing -DNDEBUG -g -fwrapv -O2 -Wall -Wstrict-prototypes -fPIC -I/home/ubuntu/env/work/local/lib/python2.7/site-packages/numpy/core/include -I/usr/local/include -Itsne/bh_sne_src/ -I/usr/include/python2.7 -c tsne/bh_sne.cpp -o build/temp.linux-x86_64-2.7/tsne/bh_sne.o -msse2 -O3 -fPIC -w

cc1plus: warning: command line option ‘-Wstrict-prototypes’ is valid for C/ObjC but not for C++ [enabled by default]

c++ -pthread -shared -Wl,-O1 -Wl,-Bsymbolic-functions -Wl,-Bsymbolic-functions -Wl,-z,relro -fno-strict-aliasing -DNDEBUG -g -fwrapv -O2 -Wall -Wstrict-prototypes -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security build/temp.linux-x86_64-2.7/tsne/bh_sne_src/quadtree.o build/temp.linux-x86_64-2.7/tsne/bh_sne_src/tsne.o build/temp.linux-x86_64-2.7/tsne/bh_sne.o -L/usr/local/lib -o build/lib.linux-x86_64-2.7/bh_sne.so -lcblas

/usr/bin/ld: cannot find -lcblas

collect2: error: ld returned 1 exit status

error: command 'c++' failed with exit status 1

----------------------------------------
Cleaning up...
Command /home/ubuntu/env/work/bin/python -c "import setuptools, tokenize;__file__='/home/ubuntu/env/work/build/tsne/setup.py';exec(compile(getattr(tokenize, 'open', open)(__file__).read().replace('\r\n', '\n'), __file__, 'exec'))" install --record /tmp/pip-3X17dU-record/install-record.txt --single-version-externally-managed --compile --install-headers /home/ubuntu/env/work/include/site/python2.7 failed with error code 1 in /home/ubuntu/env/work/build/tsne
Traceback (most recent call last):
  File "/home/ubuntu/env/work/bin/pip", line 11, in 
    sys.exit(main())
  File "/home/ubuntu/env/work/local/lib/python2.7/site-packages/pip/__init__.py", line 185, in main
    return command.main(cmd_args)
  File "/home/ubuntu/env/work/local/lib/python2.7/site-packages/pip/basecommand.py", line 161, in main
    text = '\n'.join(complete_log)
UnicodeDecodeError: 'ascii' codec can't decode byte 0xe2 in position 42: ordinal not in range(128)

Ответ 1

Ubuntu не имеет бинарного дистрибутива cblas или openblas, которые требуются для tsne в соответствии с их github. Тем не менее, ATLAS, доступный на Ubuntu, поставляется с предварительно скомпилированными cblas.

В Ubuntu, debian, который должен работать с:

apt-get install libatlas-base-dev 

https://launchpad.net/ubuntu/+source/atlas

Если вам нужно иметь разные параметры компилятора, вам придется самостоятельно создавать openblas.

И проверьте, что вы получаете libcblas.a в /usr/lib

Отредактировано: Исправлено имя пакета.

Ответ 2

Используйте это:

sudo apt-get install libblas-dev liblapack-dev

Ответ 3

Скачайте копию OpenBLAS и скомпилируйте ее самостоятельно. Установите его в /usr/local с помощью make install. Есть пакеты OpenBLAS и ATLAS и все остальное в официальных репозиториях, но их производительность является подозрительной.