ПРИМЕЧАНИЕ в R CRAN check --- Нет набора репозитория, поэтому циклическая проверка зависимостей пропущена

Я прочитал ПРИМЕЧАНИЕ в R CRAN Check: не установлен репозиторий, поэтому циклическая проверка зависимостей пропущена и, насколько мне известно, следуют рекомендациям. В частности, у меня есть файл .Rprofile в ~/ с линией options(repos = c(CRAN=\"http://cran.r-project.org\"). Я запустил bash script в нижней части страницы и все еще имею две ноты вместо той, которую я ожидал бы от нового представления.

bash-3.2$ ${R} CMD check --as-cran ${name}
* using log directory ‘/private/tmp/deptest.Rcheck’
* using R version 3.1.2 (2014-10-31)
* using platform: x86_64-apple-darwin13.4.0 (64-bit)
* using session charset: UTF-8
* checking for file ‘deptest/DESCRIPTION’ ... OK
* checking extension type ... Package
* this is package ‘deptest’ version ‘1.0’
* checking CRAN incoming feasibility ... NOTE
Maintainer: ‘John Doe <[email protected]>’
New submission
* checking package namespace information ... OK
* checking package dependencies ... NOTE
  No repository set, so cyclic dependency check skipped
* checking if this is a source package ... OK

Любые предложения по устранению второй заметки о No repository set, so cyclic dependency check skipped при запуске R CMD check --as-cran были бы наиболее желанными. Я получаю те же две заметки при попытке создать гораздо больший пакет. Эти же две заметки появляются, когда я пытаюсь создать пакет с использованием RStudio в качестве редактора для того, что стоит.

> sessionInfo()
R version 3.1.2 (2014-10-31)
Platform: x86_64-apple-darwin13.4.0 (64-bit)

locale:
[1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

loaded via a namespace (and not attached):
[1] tools_3.1.2

Чтобы проверить содержимое .Rprofile, я ввел:

ip-152010130116:~ alan$ pwd
/Users/alan
ip-152010130116:~ alan$ open -a TextEdit .Rprofile

и единственная строка в .Rprofile равна

options(repos = c(CRAN = "http://cran.r-project.org"))

Заранее спасибо

Какова вероятность того, что CRAN примет пакет с NOTE No repository set, so cyclic dependency check skipped?

Ответ 1

У меня была и ваша проблема, и исправил ее, добавив следующее в .Rprofile:

 local({r <- getOption("repos"); r["CRAN"] <- "http://ftp.ussg.iu.edu/CRAN/";   options(repos = r)})

Я думаю, что ваша проблема в том, что вы не указываете на определенное зеркало CRAN. Вы захотите изменить хранилище, чтобы отобразить ближайшее к вам зеркало.