Установите пакет NDK из меню "Инструменты"> "Android"> "Менеджер SDK".
Импортируйте пример hello-jn, используя File> Import Sample (Примечание. В этом примере используется новый плагин gradle-experimental)
Нажмите "Выполнить"> "Редактировать конфигурации"... и добавьте новую собственную Android-конфигурацию
(источник: android.com)
Запустите и отладьте ваше приложение как обычно
Несколько вещей, которые можно попробовать оттуда:
Создайте привязки JNI для нативной функции Java.
Поместите точку останова в собственный код (с учетом текущего ограничения, что точка пропуска при init/onCreate будет пропущена, должна быть уже исправлена в Android Studio 1.4 Preview)