Как создать каталог в плункере? или если есть каталог, как вы создаете новый файл/перемещаетесь в этом каталоге?
Вам нужно использовать внешний инструмент для этого?
Ex :
Я отредактировал этот существующий angular2 plunker, я создал файл myFile.ts, я хотел бы переместить в папке приложения.
http://plnkr.co/edit/ZfeAwx8ye3xRWjAUSIyn?p=options