Получение LaTeX в R-графиках

Я хотел бы добавить набор LaTeX к элементам графиков в R (например: название, метки осей, аннотации и т.д.), используя либо комбинацию base/lattice, либо ggplot2.

Вопросы:

  • Есть ли способ получить LaTeX на графики, используя эти пакеты, и если да, то как это сделать?
  • Если нет, нужны ли дополнительные пакеты, необходимые для этого.

Например, в Python matplotlib компилируется LaTeX через пакеты text.usetex, как описано здесь: http://www.scipy.org/Cookbook/Matplotlib/UsingTex

Существует ли аналогичный процесс, с помощью которого такие графики могут быть сгенерированы в R?

ОТВЕТЫ

Ответ 1

Вот пример использования ggplot2:

q <- qplot(cty, hwy, data = mpg, colour = displ)
q + xlab(expression(beta +frac(miles, gallon)))

alt text

Ответ 2

Как украдено из здесь, следующая команда правильно использует LaTeX для рисования заголовка:

plot(1, main=expression(beta[1]))

Подробнее см. ?plotmath.

Ответ 3

Пакет CRAN latex2exp содержит функцию TeX которая переводит формулы LaTeX в выражения R plotmath. Вы можете использовать его везде, где можете вводить математические аннотации, такие как метки осей, метки условных обозначений и общий текст.

Например:

x <- seq(0, 4, length.out=100)
alpha <- 1:5

plot(x, xlim=c(0, 4), ylim=c(0, 10), 
     xlab='x', ylab=TeX('$\\alpha  x^\\alpha$, where $\\alpha \\in 1\\ldots 5$'), 
     type='n', main=TeX('Using $\\LaTeX$ for plotting in base graphics!'))

invisible(sapply(alpha, function(a) lines(x, a*x^a, col=a)))

legend('topleft', legend=TeX(sprintf("$\\alpha = %d$", alpha)), 
       lwd=1, col=alpha)

производит этот сюжет.

Ответ 5

Вот что-то из моих собственных отчетов в Лаборатории.

  • tickzDevice экспортирует tikz изображения для LaTeX

  • Обратите внимание, что в некоторых случаях "\\" становится "\" и "$" становится "$\", как в следующем R-коде: "$z\\frac{a}{b}$" -> "$\z\frac{a}{b}$\"

  • Также можно экспортировать таблицы в латексный код

Код:

library(reshape2)
library(plyr)
library(ggplot2)
library(systemfit)
library(xtable)
require(graphics)
require(tikzDevice)

setwd("~/DataFolder/")
Lab5p9 <- read.csv (file="~/DataFolder/Lab5part9.csv", comment.char="#")

AR <- subset(Lab5p9,Region == "Forward.Active")

# make sure the data names aren't already in latex format, it interferes with the ggplot ~  # tikzDecice combo
colnames(AR) <- c("$V_{BB}[V]$", "$V_{RB}[V]$" ,  "$V_{RC}[V]$" , "$I_B[\\mu A]$" , "IC" , "$V_{BE}[V]$" , "$V_{CE}[V]$" , "beta" , "$I_E[mA]$")

# make sure the working directory is where you want your tikz file to go
setwd("~/TexImageFolder/")

# export plot as a .tex file in the tikz format
tikz('betaplot.tex', width = 6,height = 3.5,pointsize = 12) #define plot name size and font size

#define plot margin widths
par(mar=c(3,5,3,5)) # The syntax is mar=c(bottom, left, top, right).

ggplot(AR, aes(x=IC, y=beta)) +                                # define data set 
    geom_point(colour="#000000",size=1.5) +                # use points
    geom_smooth(method=loess,span=2) +                     # use smooth
    theme_bw() +                    # no grey background
    xlab("$I_C[mA]$") +                 # x axis label in latex format
    ylab ("$\\beta$") +                 # y axis label in latex format
    theme(axis.title.y=element_text(angle=0)) + # rotate y axis label
    theme(axis.title.x=element_text(vjust=-0.5)) +  # adjust x axis label down
    theme(axis.title.y=element_text(hjust=-0.5)) +  # adjust y axis lable left
    theme(panel.grid.major=element_line(colour="grey80", size=0.5)) +# major grid color
    theme(panel.grid.minor=element_line(colour="grey95", size=0.4)) +# minor grid color 
    scale_x_continuous(minor_breaks=seq(0,9.5,by=0.5)) +# adjust x minor grid spacing
    scale_y_continuous(minor_breaks=seq(170,185,by=0.5)) + # adjust y minor grid spacing
    theme(panel.border=element_rect(colour="black",size=.75))# border color and size

dev.off() # export file and exit tikzDevice function

Ответ 6

Здесь классная функция, которая позволяет использовать функцию plotmath, но с выражениями, хранящимися как объекты символьного режима. Это позволяет вам манипулировать ими программно, используя функции пасты или регулярного выражения. Я не использую ggplot, но он должен работать и там:

    express <- function(char.expressions){
       return(parse(text=paste(char.expressions,collapse=";")))
    }
    par(mar=c(6,6,1,1))
    plot(0,0,xlim=sym(),ylim=sym(),xaxt="n",yaxt="n",mgp=c(4,0.2,0),
       xlab="axis(1,(-9:9)/10,tick.labels,las=2,cex.axis=0.8)",
       ylab="axis(2,(-9:9)/10,express(tick.labels),las=1,cex.axis=0.8)")
    tick.labels <- paste("x >=",(-9:9)/10)
    # this is what you get if you just use tick.labels the regular way:
    axis(1,(-9:9)/10,tick.labels,las=2,cex.axis=0.8)
    # but if you express() them... voila!
    axis(2,(-9:9)/10,express(tick.labels),las=1,cex.axis=0.8)

Ответ 7

Я сделал это несколько лет назад, выведя его в формате .fig, а не непосредственно в .pdf; вы пишете названия, включая латексный код, и используйте fig2ps или fig2pdf для создания окончательного графического файла. Настройка, которую я должен был сделать, сломалась с R 2.5; если бы мне пришлось это сделать снова, я бы вместо этого посмотрел на tikz, но все равно включил это здесь в качестве другого потенциального варианта.

Мои заметки о том, как я это сделал, используя Sweave, находятся здесь: http://www.stat.umn.edu/~arendahl/computing

Ответ 8

У меня есть обходной путь. Сначала можно создать файл eps, а затем преобразовать его обратно в pgf с помощью инструмента eps2pgf. См. http://www.texample.net/tikz/examples/eps2pgf/