Мне просто интересно, когда и почему вы бы определили элемент <resource-ref> в вашем файле web.xml?
Я бы подумал, что он будет определен на вашем веб-сервере/сервере приложений с использованием JNDI, а затем будет искать ссылку на JNDI в вашем коде Java?
Определение resource-ref кажется мне несколько излишним, и я не могу понять, когда это может быть полезно. Пример:
<resource-ref>
  <description>Primary database</description>
  <res-ref-name>jdbc/primaryDB</res-ref-name>
  <res-type>javax.sql.DataSource</res-type>
  <res-auth>CONTAINER</res-auth>
</resource-ref>