Объединить несколько файлов

Я использую стандартную команду соединения для объединения двух отсортированных файлов на основе столбца1. Команда проста: join file1 file2 > output_file.

Но как мне присоединиться к 3 или более файлам с использованием того же метода? join file1 file2 file3 > output_file Команда выше дала мне пустой файл. Я думаю, что sed может мне помочь, но я не слишком уверен, как?

Ответ 1

man join:

NAME
       join - join lines of two files on a common field

SYNOPSIS
       join [OPTION]... FILE1 FILE2

он работает только с двумя файлами.

если вам нужно присоединиться к трем, возможно, вы можете сначала присоединиться к первым двум, а затем присоединиться к третьему.

попробовать:

join file1 file2 | join - file3 > output

который должен присоединиться к трем файлам без создания промежуточного временного файла. - сообщает команде соединения прочитать первый входной поток из stdin

Ответ 2

Можно объединить несколько файлов (N >= 2), построив конвейер join рекурсивно:

#!/bin/sh

# multijoin - join multiple files

join_rec() {
    if [ $# -eq 1 ]; then
        join - "$1"
    else
        f=$1; shift
        join - "$f" | join_rec "[email protected]"
    fi
}

if [ $# -le 2 ]; then
    join "[email protected]"
else
    f1=$1; f2=$2; shift 2
    join "$f1" "$f2" | join_rec "[email protected]"
fi

Ответ 3

Я знаю, что это старый вопрос, но для будущего использования. Если вы знаете, что файлы, к которым вы хотите присоединиться, имеют шаблон, похожий на вопрос здесь, например. file1 file2 file3 ... fileN Затем вы можете просто присоединиться к ним с помощью этой команды

cat file* > output

Где вывод будет серией связанных файлов, которые были объединены в алфавитном порядке.

Ответ 4

Я создал для этого функцию. Первый аргумент - это выходной файл, остальные аргументы - файлы, которые нужно объединить.

function multijoin() {
    out=$1
    shift 1
    cat $1 | awk '{print $1}' > $out
    for f in $*; do join $out $f > tmp; mv tmp $out; done
}

Использование:

multijoin output_file file*

Ответ 5

На странице man join указано, что он работает только для двух файлов. Поэтому вам нужно создать и промежуточный файл, который вы удаляете впоследствии, т.е.:

> join file1 file2 > temp
> join temp file3 > output
> rm output

Ответ 6

Хотя немного старый вопрос, так вы можете сделать это с помощью одного awk:

awk -v j=<field_number> '{key=$j; $j=""}  # get key and delete field j
                         (NR==FNR){order[FNR]=key;} # store the key-order
                         {entry[key]=entry[key] OFS $0 } # update key-entry
                         END { for(i=1;i<=FNR;++i) {
                                  key=order[i]; print key entry[key] # print
                               }
                         }' file1 ... filen

Этот сценарий предполагает:

  • все файлы имеют одинаковое количество строк
  • порядок вывода - это тот же порядок первого файла.
  • файлы не нужно сортировать в поле <field_number>
  • <field_number> - допустимое целое число.

Ответ 7

Соединение объединяет строки двух файлов в общем поле. Если вы хотите присоединиться к другому - делайте это парами. Сначала присоедините первые два файла, затем присоедините результат к третьему файлу и т.д.

Ответ 8

Предполагая, что у вас есть четыре файла A.txt, B.txt, C.txt и D.txt:

~$ cat A.txt
x1 2
x2 3
x4 5
x5 8

~$ cat B.txt
x1 5
x2 7
x3 4
x4 6

~$ cat C.txt
x2 1
x3 1
x4 1
x5 1

~$ cat D.txt
x1 1

Присоединитесь к файлам с помощью:

firstOutput='0,1.2'; secondOutput='2.2'; myoutput="$firstOutput,$secondOutput"; outputCount=3; join -a 1 -a 2 -e 0 -o "$myoutput" A.txt B.txt > tmp.tmp; for f in C.txt D.txt; do firstOutput="$firstOutput,1.$outputCount"; myoutput="$firstOutput,$secondOutput"; join -a 1 -a 2 -e 0 -o "$myoutput" tmp.tmp $f > tempf; mv tempf tmp.tmp; outputCount=$(($outputCount+1)); done; mv tmp.tmp files_join.txt

Результаты:

~$ cat files_join.txt 
x1 2 5 0 1
x2 3 7 1 0
x3 0 4 1 0
x4 5 6 1 0
x5 8 0 1 0