Do.call(rbind, list) для нечетного числа столбцов

У меня есть список, каждый элемент которого является символьным вектором различной длины Я хотел бы привязать данные как строки, так что имена столбцов "выстраиваются в линию", а если есть дополнительные данные, тогда создайте столбец, а если отсутствуют данные, создайте NAs

Ниже представлен пример данных, с которыми я работаю с

x <- list()
x[[1]] <- letters[seq(2,20,by=2)]
names(x[[1]]) <- LETTERS[c(1:length(x[[1]]))]
x[[2]] <- letters[seq(3,20, by=3)]
names(x[[2]]) <- LETTERS[seq(3,20, by=3)]
x[[3]] <- letters[seq(4,20, by=4)]
names(x[[3]]) <- LETTERS[seq(4,20, by=4)]

Нижняя строка, как правило, будет тем, что я сделал бы, если бы был уверен, что формат для каждого элемента был тем же...

do.call(rbind,x)

Я надеялся, что кто-то придумал небольшое небольшое решение, которое соответствует именам столбцов и заполняет пробелы с помощью NA, добавляя новые столбцы, если в процессе привязки будут найдены новые столбцы...

ОТВЕТЫ

Ответ 1

rbind.fill - это удивительная функция, которая действительно хорошо работает в списке data.frames. Но IMHO, для этого случая, может быть сделано намного быстрее, когда список содержит только (названные) векторы.

Способ rbind.fill

require(plyr)
rbind.fill(lapply(x,function(y){as.data.frame(t(y),stringsAsFactors=FALSE)}))

Более простой способ (и, по крайней мере, эффективный для этого сценария):

rbind.named.fill <- function(x) {
    nam <- sapply(x, names)
    unam <- unique(unlist(nam))
    len <- sapply(x, length)
    out <- vector("list", length(len))
    for (i in seq_along(len)) {
        out[[i]] <- unname(x[[i]])[match(unam, nam[[i]])]
    }
    setNames(as.data.frame(do.call(rbind, out), stringsAsFactors=FALSE), unam)
}

В принципе, мы получаем полные уникальные имена для формирования столбцов окончательного файла data.frame. Затем мы создаем список с длиной = input и просто заполняем остальные значения с помощью NA. Вероятно, это "самая сложная" часть, поскольку мы должны сопоставлять имена при заполнении NA. И затем, мы окончательно устанавливаем имена в столбцы (которые могут быть установлены по ссылке с помощью setnames из пакета data.table, если это необходимо).

Теперь к некоторому бенчмаркингу:

Данные:

# generate some huge random data:
set.seed(45)
sample.fun <- function() {
    nam <- sample(LETTERS, sample(5:15))
    val <- sample(letters, length(nam))
    setNames(val, nam)  
}
ll <- replicate(1e4, sample.fun())

Функции:

# plyr rbind.fill version:
rbind.fill.plyr <- function(x) {
    rbind.fill(lapply(x,function(y){as.data.frame(t(y),stringsAsFactors=FALSE)}))
}

rbind.named.fill <- function(x) {
    nam <- sapply(x, names)
    unam <- unique(unlist(nam))
    len <- sapply(x, length)
    out <- vector("list", length(len))
    for (i in seq_along(len)) {
        out[[i]] <- unname(x[[i]])[match(unam, nam[[i]])]
    }
    setNames(as.data.frame(do.call(rbind, out), stringsAsFactors=FALSE), unam)
}

Обновление (добавлена ​​функция GSee):

foo <- function (...) 
{
  dargs <- list(...)
  all.names <- unique(names(unlist(dargs)))
  out <- do.call(rbind, lapply(dargs, `[`, all.names))
  colnames(out) <- all.names
  as.data.frame(out, stringsAsFactors=FALSE)
}

Бенчмаркинг:

require(microbenchmark)
microbenchmark(t1 <- rbind.named.fill(ll), 
               t2 <- rbind.fill.plyr(ll), 
               t3 <- do.call(foo, ll), times=10)
identical(t1, t2) # TRUE
identical(t1, t3) # TRUE

Unit: milliseconds
                       expr        min         lq     median         uq        max neval
 t1 <- rbind.named.fill(ll)   243.0754   258.4653   307.2575   359.4332   385.6287    10
  t2 <- rbind.fill.plyr(ll) 16808.3334 17139.3068 17648.1882 17890.9384 18220.2534    10
     t3 <- do.call(foo, ll)   188.5139   204.2514   229.0074   339.6309   359.4995    10

Ответ 2

Если вы хотите, чтобы результат был матрицей...

Недавно я написал эту функцию для сотрудника, который хотел перевести векторы в матрицу.

foo <- function (...) 
{
  dargs <- list(...)
  if (!all(vapply(dargs, is.vector, TRUE))) 
      stop("all inputs must be vectors")
  if (!all(vapply(dargs, function(x) !is.null(names(x)), TRUE))) 
      stop("all input vectors must be named.")
  all.names <- unique(names(unlist(dargs)))
  out <- do.call(rbind, lapply(dargs, `[`, all.names))
  colnames(out) <- all.names
  out
}

R > do.call(foo, x)
     A   B   C   D   E   F   G   H   I   J   L   O   R   P   T  
[1,] "b" "d" "f" "h" "j" "l" "n" "p" "r" "t" NA  NA  NA  NA  NA 
[2,] NA  NA  "c" NA  NA  "f" NA  NA  "i" NA  "l" "o" "r" NA  NA 
[3,] NA  NA  NA  "d" NA  NA  NA  "h" NA  NA  "l" NA  NA  "p" "t"

Ответ 3

Вот версия, использующая пакет data.table, немного быстрее для очень больших данных. Он использует функцию rbindlist и ее аргумент fill=TRUE, переданный в функцию do.call.

rbindlist(l2, fill=TRUE)

Это добавляет небольшие накладные расходы, потому что необходимо преобразовать векторы символов с помощью as.list. Этот отрывок также может добавить время процессу, в зависимости от того, как генерируются данные.
С другой стороны, он работает быстрее на больших наборах данных.
Возвращает data.table.

Я переписал примеры @Arun и @GSee, чтобы создать увеличенный образец.

данных 
# generate some huge random data:
set.seed(45)
sample.fun <- function() {
  nam <- sample(LETTERS, sample(5:15))
  val <- sample(letters, length(nam))
  setNames(val, nam)  
}
l1 <- replicate(1e6, sample.fun()) # Arun data, just bigger
l2 <- lapply(l1, as.list) # same data converted with as.list

Функции

library(microbenchmark)
library(data.table)
# Arun function
rbind.named.fill <- function(x) {
  nam <- sapply(x, names)
  unam <- unique(unlist(nam))
  len <- sapply(x, length)
  out <- vector("list", length(len))
  for (i in seq_along(len)) {
    out[[i]] <- unname(x[[i]])[match(unam, nam[[i]])]
  }
  setNames(as.data.frame(do.call(rbind, out), stringsAsFactors=FALSE), unam)
}

# GSee function
foo <- function (...) 
{
  dargs <- list(...)
  all.names <- unique(names(unlist(dargs)))
  out <- do.call(rbind, lapply(dargs, '[', all.names))
  colnames(out) <- all.names
  as.data.frame(out, stringsAsFactors=FALSE)
}

Бенчмаркинг

microbenchmark(t1 <- rbind.named.fill(l1), 
               t2 <- rbindlist(l2, fill=TRUE),
               t3 <- do.call(foo, l1),
               times=10)
#> Unit: seconds
#>                                 expr      min        lq        mean    median        uq      max neval
#> t1 <- rbind.named.fill(l1)      6.536782  7.545538   9.118771  9.304844 10.505814 11.28260    10
#> t2 <- rbindlist(l2, fill=TRUE)  5.250387  5.787712   6.910340  6.226065  7.579503 10.40524    10
#> t3 <- do.call(foo, l1)          9.590615 11.043557  13.504694 12.550535 15.364464 19.95877    10


identical(t1, data.frame(t2))
#> [1] TRUE
identical(t3, data.frame(t2))
#> [1] TRUE

Created on 2019-08-01 by the reprex package (v0.3.0)